在伟大的航道上，路飞一行人朝着目的地前进…这一次所要去的地方是娜美前阵子所得到手的地图珍兽岛，传说有的宝物在那里。在大家像平时一样在船上悠闲的做着自己的事时，海中的火山爆发，海水向上喷发，把一座小岛围了起来，原来，珍兽岛已经到了。在一阵混乱中，乔巴从船上飞了出去… 传说中的珍兽岛是个动物的天堂，岛上的居民（都是动物…）在王的领导之下快乐的生活着但是王却在最近去世了，掉在珍兽岛的乔巴，被岛上居民认为是新任的王乔巴等待其它人来找他，乔巴只好答应先暂时当珍兽岛的王。在珍兽岛的居民快乐的迎接新任的王的同时，一个以岛上动物为目标的黑暗人物逐渐逼近…

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娜美偶然得到一张珍兽岛的地图，据说那里埋藏着无价的宝藏，草帽海贼团的诸位不顾乔巴的阻拦，决定向这座小岛挺进。正在此时，海底火山爆发，将黄金梅利号抛向空中。机缘巧合，他们竟然被抛到了珍兽岛。这个小岛由会说人话的动物统治，它们的老国王麒麟狮已经仙逝，偶然跌落于此的乔巴被众兽奉为新的国王。乔巴拗不过众兽，权且任职。正当珍兽岛为新国王的诞生欢欣鼓舞之时，贪婪邪恶的巴特拉伯爵及其爪牙登陆小岛。为了传说中的“国王宝藏”，他不惜对岛上的动物大开杀戒。他们也势必和草帽海贼团发生冲突…… 　　本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2002年上映的第三部动画剧场版。

草帽一伙正在享受着快乐时光，奈美却突然发起高烧，一病不起。为了治好她的病，众人扬帆来到了冬岛铁桶王国，路飞背着奈美上山寻找岛上唯一的魔女医生——古蕾娃，以及她的助手托尼托尼·乔巴。与此同时，一年前因战乱而弃国逃亡的国王卷土重来，他企图驱逐古蕾娃，重新统治这片土地。一时间战火重燃，盘桓在此的草帽一伙被迫卷入其中……

娜美偶然得到一张珍兽岛的地图，据说那里埋藏着宝藏，草帽海贼团的诸位不顾乔巴的阻拦，决定向这座小岛挺进。此时，海底火山爆发，将黄金梅利号抛向空中。他们竟然被抛到了珍兽岛。这个小岛由会说人话的动物统治，它们的老国王麒麟狮已经仙逝，偶然跌落于此的乔巴被众兽奉为新的国王。乔巴拗不过众兽，权且任职。正当珍兽岛为新国王的诞生欢欣鼓舞之时，贪婪邪恶的巴特拉伯爵及其爪牙登陆小岛。为了传说中的“国王宝藏”，他不惜对岛上的动物大开杀戒。他们也势必和草帽海贼团发生冲突…

“如果你是海贼中的海贼中的海贼中的海贼的话……就带着你信任的伙伴到这座岛上来吧！”草帽海贼团捡到一个的瓶中信，里头还附有一张画有花朵的地图，岛的名字叫“狂欢岛”，受到这个充满魅力的岛名的诱惑，一行人决定到这座岛上度假，岛上的首领狂欢男爵却要求他们先通过的“地狱一般的试炼”才能享受这里的一切，喜爱冒险和刺激之事的路飞当然也不会放过这个机会，他不顾大伙的反对，硬是要参加试炼。只是为何这么大的度假胜地里，除了草帽海贼团之外没有其他的观光客呢？饭店后方的大片墓园、山顶上云雾覆盖的奇怪影子、一张贴在废墟墙头的老旧悬赏单、森林中数百艘船只的残骸，这个看似充满欢乐的小岛，背地里其实隐藏着一个惊人的秘密，更糟糕的是，试炼尚未结束，向来团结的伙伴们受到男爵和他的部下们的挑拨而开始起了争执，变的谁也不信任谁……

在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。 暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅的关系，索隆和香吉士大打出手。而这一切，都和萨卡手中持有的七星剑有关。这把传说中的宝剑，其所隐藏的秘密渐渐浮出水面……

草帽海贼团来到汉那巴尔，吃饭的时候奈美注意到老板正和某位海贼在做可疑的交易，一问之下才知道，地下赌场正在举办每年一次的死亡海上竞赛，而且今年的奖金高达3亿贝里，为了寻求奖金和冒险的一行参加决定参加这场比赛。

草帽海贼团的船“黄金梅利号”在悠闲度假大伙眼前被偷走了，后来他们在寻找船的途中遇到一对小偷兄弟，从他们口中打听到小偷是现在统治着发条岛的“扑克牌海贼团”，而小偷兄弟正好也要去偷取岛上著名的“钻石钟”，双方的目标一致，决定联手攻进扑克牌海贼团的大本营，但可怕的头目“大熊王”手中却掌握著攸关整座发条岛生死的巨大发条……